Trasformazione in caserma

La trasformazione in caserma avviene comunque a partire dal 1792, quando sono perpetrate pesanti demolizioni per realizzare grandi dormitori al primo piano, e al piano terra del lato settentrionale del chiostro quattrocentesco sono tamponate le arcate sempre allo scopo di ricavare dormitori: le cantine sono trasformate in stalle.
Nel 1793 vi alloggiano due compagnie di soldati, 130 muli e quaranta uomini che li governano; nel 1802 sono alloggiati 400 operai dell'arsenale con relativi officine e magazzini, e 120 cavalli; la chiesa viene trasformata in stalla.

Nel 1848-49 il chiostrino delle converse è adibito ad alloggi per gli ufficiali, mentre nel 1849 un incendio devasta tutti i tetti, subito rifatti, e in particolare quello della chiesa che ora viene adibita a magazzino, e nella quale vengono abbattute le volte pericolanti e sono lasciate a vista le nuove capriate.
Il 1852 vede alloggiati nel Corpus Domini quattrocento uomini di fanteria, che occupano entrambi i chiostri: in quello quattrocentesco, nel lato orientale, trovano spazio il corpo di guardia, la camera del carbone, la latrina e alcune altre stanze; nei lati est e ovest i dormitori, mentre nel lato meridionale alcune stanze affiancano il vano di passaggio al chiostro cinquecentesco meridionale, in cui nel braccio occidentale è insediato un camerone e il passaggio al retrostante giardino, e nel braccio orientale le cucine e la vivandiera. Le camerate occupano tutto il primo piano.