I francesi cancellano il Collegio delle Canonichesse

In realtà la nuova temperie politica non solo porta a riprendere il progetto di trasformazione in caserma per i soppressi monasteri di S. Chiara e del Corpus Domini, che lo divengono nel 1791, ma a sopprimere, con l'avvento dei francesi, anche il Collegio delle Canonichesse nel 1798, con il conseguente, anche se non immediato, utilizzo a scopi militari di S. Benedetto.
Agli stessi francesi si deve anche la soppressione alci monastero di S. Monica, scampato alla fase giuseppina ma dal 1810 convertito in caserma. Si completa, così, la totale trasformazione dell'area, prima prevalentemente religiosa e ora militare che inoltre vede la presenza di almeno altre due caserme ora scomparse (Tre case, S. Omobono per la cavalleria).

L'utilizzo a caserma, seppure con destinazioni specifiche differenti (a S. Monica era ospitato
il panificio militare e il magazzino delle biade, in S. Chiara l'ospedale militare), implica pesanti trasformazioni edilizie e mutilazioni. Sono soprattutto S. Chiara e il Corpus Domini a vedere i loro spazi fortemente modificati da demolizioni di partizioni interne, per ricavarne grandi camerate, o da costruzioni di tamponamenti dei corpi porticati per lo stesso fine; ma anche la costruzione di corpi di fabbrica in un primo momento provvisori, generalmente a ridosso dei muri di cinta, e quindi in muratura, come avviene per gli ottocenteschi edifici lungo le vie Chiara Novella e dei Mille, e soprattutto con la costruzione della cavallerizza di S. Benedetto, risalente ai 1879, e dell'immenso edificio per il ricovero dei carri tuttora esistente e perfettamente conservato nell'area di S. Monica edificato tra il 1880 e il 1891 .